Gènes pour la résilience au covid-19 : identification des marqueurs ADN correspondants à la résistance au coronavirus et susceptibilité

COVID-19 est similaire au syndrome respiratoire aigu sévère (SARS) dans le sens que les deux virus infectent leurs hôtes humains via le même récepteur, le récepteur de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), et provoquent des caractéristiques cliniques et pathologiques similaires. Intéressamment, la protéine pointe qui est responsable de la liaison au récepteur est très similaire entre 2019-nCoV et SARS-CoV, ce qui est le résultat d'une sélection importante pour le même récepteur (Wu., 2020). La recherche sur la façon dont nos corps se défendent contre le SARS pourrait révéler comment nos corps pourraient se défendre contre le covid-19. Plusieurs études récentes d'association génomique globale (GWAS) ont fourni une bien meilleure compréhension des variations génétiques qui peuvent aider à expliquer pourquoi certains individus sont virtuellement indemnes de COVID-19, et pour d'autres le virus est une menace pour la vie ou même mortelle.

Dans cet article, nous fournissons une revue de la littérature évaluée par des pairs et présent informations sur les gènes candidats pour Résistance au SARS-CoV. Si vous avez fait un test ADN à domicile comme ceux disponibles chez 23andMe, Ancestry ADN, laboratoires Dante, vous pouvez évaluer vos données ADN brutes et voir comment votre séquence d'ADN se compare à la résultats de recherche.

Comment analyser votre ADN pour la résistance ou la sensibilité au coronavirus ?

Étape 1) Téléchargez votre fichier ADN autosomique brut et enregistrez-le dans un endroit sûr et sécurisé

Pour analyser vos données ADN, commencez par télécharger votre ADN brut et enregistrez-le dans un endroit sûr. Voici les instructions pour télécharger votre fichier ADN brut à partir de : 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.

Étape 2) Analysez votre fichier d'ADN brut

Recherchez vos données brutes ADN à l'aide d'un éditeur de texte tel que «Text Wrangler» ou «Notepad» en utilisant la fonction «Trouver» ou en utilisant la ligne de commande.

Ouvrez votre fichier ADN brut et vous remarquerez les en-têtes d'un ID SNP unique (rs # ou i #), chromosome, position et génotype. Les formats diffèrent légèrement entre chaque entreprise de test ADN à consommateur direct.

Pour évaluer votre risque de mauvaise récupération de la COVID-19, regardez ces marqueurs ADN décrits ci-dessous:

Plusieurs études d'association génomique (GWAS) ont été récemment publiées décrivant des loci associés à l'insuffisance respiratoire chez les patients infectés par le SARS-CoV-2 et trois études ont identifié des marqueurs SNP dans le même segment génomique ~50 kb qui est hérité des Néandertaliens. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). De plus, ces études GWAS ont également identifié un certain nombre d'autres ADN marqueurs qui sont associés au COVID-19, et chaque d'entre eux sont présentés dans le tableau ci-dessous.

En outre, d'autres marqueurs ADN abordés dans ce post comprennent rs4804803 qui était associé à SARS et ceux situés dans le récepteur de l'enzyme de conversion de l'angiotensine-2 (ACE2) qui a été prouvé être le même récepteur pour le coronavirus respiratoire humain NL63, SARS-coronavirus (SARS-CoV) et le nouveau coronavirus 2019-nCoV / SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Étant donné que la protéine pointe du coronavirus a évolué pour correspondre au récepteur ACE2, il est probable que les individus présentant des variations qui altèrent la séquence protéique résulteraient d'un degré de résistance à covid-19. Ci-dessous figurent des SNPs non synonymes du transcript ACE2 NM_021804.2 et, en particulier, les SNPs qui provoquent des changements importants comme rs199951323 qui entraîne un codon de fin prématuré.