कोविड -19 लचीलापन के लिए जीन: संबंधित डीएनए मार्करों की पहचान कोरोनावायरस प्रतिरोध औरसंवेदनशीलता

6 मई, 2022 तक अपडेट किया गया Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.

कोरोनावायरस (CoVs) (आदेश Nidovirales, परिवार Coronaviridae, उपपरिवार कोरोनाविरीना) जिम्मेदार हैंकई में श्वसन रोग के प्रकोप के लिए कशेरुकी प्रजातियाँ। वे एकल का एक बड़ा परिवार हैं-फंसे हुए आरएनए से ढके वायरस (+ssRNA) जो कर सकते हैं अलग-थलग हो विभिन्न जानवरों की प्रजातियां। उनके पासजीनोम आकार 26 से 32 किलोबेस के बीच (केबी) लंबाई में, आरएनए के लिए सबसे बड़ा जीनोम होने के नातेवायरस (परिणामस्वरूप प्रभावशीलता में वृद्धि फेसमास्क का). COVID-19 को गंभीर तीव्र के रूप में भी जाना जाता हैश्वसन सिंड्रोम कोरोनावायरस 2 (SARS-CoV-2), या "उपन्यास कोरोनावायरस 2019" एक नया वायरस है और हम अभी समझने लगे हैंमनुष्यों में प्रतिरोध और संवेदनशीलता।

कोविड-19 और गंभीर अक्षय श्वसन सिंड्रोम (SARS) के बीच एक समानता है कि दोनों वायरस अंगोटिसिन-कनवर्टिंग एन्जीम 2 (ACE2 रिसेप्टर) के माध्यम से उनके मानव मेजबानों को संक्रमित करते हैं और समान क्लिनिकल और पैथोलॉजिक विशेषताएं का कारण बनते हैं। रिसेप्टर बाइंडिंग के लिए जिम्मेदार स्पाइक प्रोटीन 2019-nCoV और SARS-CoV के बीच बहुत ही समान है, यह एक ही रिसेप्टर के लिए काफी चयन के परिणाम है (Wu., 2020)। सर्स के खिलाफ हमारे शरीर के कैसे रक्षा करता है, उससे हम कोविड-19 के खिलाफ हमारे शरीर के कैसे रक्षा कर सकते हैं की जानकारी मिल सकती है। कई हाल ही में किए गए जीनोम वाइड एसोसिएशन स्टडीज (GWAS) ने कोविड-19 से क्यों कुछ व्यक्ति को कुछ भी नहीं होता है और कुछ व्यक्ति के लिए यह वायरस जीवन खतरे में या फिर मौत के लिए हो सकता ह

इस पोस्ट में, हम सहकर्मी की समीक्षा किए गए साहित्य की समीक्षा प्रदान करते हैं औरवर्तमान के लिए उम्मीदवार जीन के बारे में जानकारीSARS-CoV प्रतिरोध। अगर आपने घर पर डीएनए टेस्ट लिया है जैसे जो 23andMe, वंश से उपलब्ध हैंडीएनए, डांटे लैब, आप अपने कच्चे डीएनए डेटा का मूल्यांकन कर सकते हैं और देख सकते हैं आपके डीएनए अनुक्रम की तुलना कैसे की जाती हैशोध के निष्कर्ष।

कोरोनावायरस के खतरे या आसानी के लिए अपने डीएनए का विश्लेषण कैसे करें?

कदम 1) अपनी कच्ची ऑटोसोमल डीएनए फाइल डाउनलोड करें और एक सुरक्षित और सुरक्षित स्थान पर इसे सेव करें

अपने डीएनए डेटा का विश्लेषण करने के लिए, अपनी कच्ची ऑटोसोमल डीएनए को डाउनलोड करके एक सुरक्षित स्थान पर सेव करें। यहां आपको अपनी कच्ची डीएनए फाइल को डाउनलोड करने के लिए निर्देश मिलेंगे: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.

चरण 2) अपनी कच्ची डीएनए फ़ाइल का विश्लेषण करें

एक टेक्स्ट एडिटर जैसे "टेक्स्ट रैंगलर" या "नोटपैड" का उपयोग करके अपने कच्चे डीएना डेटा को "खोज" फंक्शन का उपयोग करके खोजें।

अपने कच्चे डीएना फ़ाइल को खोलें और आपको अद्वितीय SNP ID (rs# या i#), अक्षर, स्थिति और जीनोटाइप के शीर्षक दिखाई देंगे। हर डायरेक्ट टू कस्मर डीएना टेस्टिंग कंपनी के बीच स्वरूप के अलावा थोड़ा अलग होता है।

कोविड-१९ से खराब रिकवरी के खतरे को मूल्यांकन करने के लिए नीचे वर्णित डीएना मार्कर को देखें:

कुछ विशाल विश्व संबंधी अनुसंधान (GWAS) हाल ही में प्रकाशित हुए हैं जो सार्स-कोवी-२ से संक्रमित रोगी में श्वसन विफलता से संबंधित लोकी के बारे में वर्णन करते हैं और तीन अनुसंधान नीन्दर्तल्स से आयुर्वेदिक रूप से निहारी जाने वाली ~50 kb जीनोमिक खंड में एसपीआई मार्कर (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). इसके अलावा इन जीडब्ल्यूएएस अध्ययनों ने कई अन्य डीएनए की भी पहचान कीमार्कर जो COVID-19 से जुड़े हैं, और प्रत्येकइनमें से नीचे तालिका में प्रस्तुत किया गया है।

इसके अलावा, इस पोस्ट में संबंधित अन्य DNA मार्कर्स शामिल हैं जो SARS से संबंधित थे, और उन्हें मानव श्वसन कोरोनावायरस NL63, SARS-कोरोनावायरस (SARS-CoV) और नया कोरोनावायरस 2019-nCoV / SARS-CoV के लिए एक ही रेसेप्टर अंगोटिन-कन्वर्टिंग एन्जीम-2 (ACE2) पर स्थित थे (Li et al., 2017; Lu et al., 2019)। कोरोनावायरस के स्पाइक प्रोटीन को ACE2 रेसेप्टर से मेल खाने के लिए विकसित किया गया है, इसलिए उन व्यक्तियों में जो प्रोटीन सीमेंस को बदलने वाले वैरिएंशन होते हैं, उनमें covid-19 के साथ कुछ स्तर का रिसिस्टेंस होगा। नीचे ACE2 ट्रांस्क्रिप्ट NM_021804.2 से नॉन-सिनोन्योमस एसएनपी दिए गए हैं और विशेष रूप से जो मेजर बदलाव के कारण आते हैं जैसे rs199951323 जो एक पूर्ववर्ती स्टॉप कोडन के कारण परिणाम देता है।

जीन dbsnp गुणसूत्र (GRCh37) POS REF ALT जोखिम एलील मार्कर प्रभाव संदर्भ

IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C ससेप्टिबिल वेरिएंट टी: टी और टी: सी पुरुष मेंs ऑड्स रेशियो 1.44 Roberts., 2020;

SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G जोखिम जीनोटाइप G:G और A:G, 3_prime_UTR_variant अस्पताल में भर्ती होने का ऑड्स रेश्यो = 8.29

LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G जोखिम जीनोटाइप G:G और A:G, intron_variant,genic_upstream_transscript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo

LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- उच्च श्वसन विफलता की संवेदनशीलता है, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020

LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C जोखिम जीनोटाइप टी: सी और सी: सी, intron_variant विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;

LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A जोखिम जीनोटाइप G:A और A:A, intron_variant विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7

LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G जोखिम जीनोटाइप G:A और G:G, intron_variant विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7

LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C जोखिम जीनोटाइप्स सी:टी और सी:सी, इंट्रॉन वेरिएंट विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7

ABO rs657152 9 136139265 A C or T एक जोखिम एलील, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020

Intergenic rs5798227 12 53120100 C - रिस्क एलील इज डिलीशन p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;

IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T संवेदनशील विविधताएं टी: टी, सी: टी p=1.9x10-7

Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G संवेदनशील विविधताएं टी: टी और टी: सी odds ratio 1.7 Roberts., 2020;

TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T जोखिम जीनोटाइप टी: जी और टी: टी, मिसेन्स_वेरिएंट Made et al., 2020;

समानार्थी एसएनपी ACE2 . में तैनात हैं

ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A मिसेंस_वेरिएंट p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020

ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A मिसेंस_वेरिएंट p.Arg768Trp/c.2302C>T

ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A मिसेंस_वेरिएंट p.Leu731Phe/c.2191C>T

ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C मिसेंस_वेरिएंट p.Asn720Asp/c.2158A>G

ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T मिसेंस_वेरिएंट p.Arg710His/c.2129G>A

ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A मिसेंस_वेरिएंट p.Arg708Trp/c.2122C>T

ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G मिसेंस_वेरिएंट p.Ser692Pro/c.2074T>C

ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T मिसेंस_वेरिएंट p.Glu668Lys/c.2002G>A

ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G

ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C मिसेंस_वेरिएंट p.Asn638Ser/c.1913A>G

ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A मिसेंस_वेरिएंट

ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C splice_region_variant+intron_variant c.1541+5A>G

ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T मिसेंस_वेरिएंट p.Ala501Thr/c.1501G>A

ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C मिसेंस_वेरिएंट p.Ile468Val/c.1402A>G

ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G मिसेंस_वेरिएंट p.Val184Ala/c.551T>C

ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T मिसेंस_वेरिएंट p.Gly173Ser/c.517G>A

ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C मिसेंस_वेरिएंट p.Asn159Ser/c.476A>G

ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C मिसेंस_वेरिएंट p.Asn149Ser/c.446A>G

ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T splice_region_variant+intron_variant c.439+4G>A

ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T splice_region_variant+intron_variant c.345+5G>A

ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C मिसेंस_वेरिएंट p.Lys26Arg/c.77A>G

ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G मिसेंस_वेरिएंट p.Ser19Pro/c.55T>C

सार्स से जुड़े एसएनपी

CD209 rs4804803 19 7812733 A G संवेदनशील जीनोटाइप A:A, upstream_transscript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010

कोविड -19 लचीलापन के लिए जीन: संबंधित डीएनए मार्करों की पहचान कोरोनावायरस प्रतिरोध औरसंवेदनशीलता

कोरोनावायरस के खतरे या आसानी के लिए अपने डीएनए का विश्लेषण कैसे करें?

कदम 1) अपनी कच्ची ऑटोसोमल डीएनए फाइल डाउनलोड करें और एक सुरक्षित और सुरक्षित स्थान पर इसे सेव करें

चरण 2) अपनी कच्ची डीएनए फ़ाइल का विश्लेषण करें

चरण 3) अतिरिक्त शोध निष्कर्षों के साथ अपने जीनोटाइप/एसएनपी की तुलना करें

dbSNP

SNPpedia

जीन	dbsnp	गुणसूत्र (GRCh37)	POS	REF	ALT	जोखिम एलील	मार्कर प्रभाव	संदर्भ
IVNS1ABP	rs6668622	1	185414582	T	C	ससेप्टिबिल वेरिएंट टी: टी और टी: सी पुरुष मेंs	ऑड्स रेशियो 1.44	Roberts., 2020;
SRRM1	rs111972040	1	24999361	A	G	जोखिम जीनोटाइप G:G और A:G, 3_prime_UTR_variant	अस्पताल में भर्ती होने का ऑड्स रेश्यो = 8.29	Roberts., 2020;
LZTFL1	rs35044562	3	45909024	A	G	जोखिम जीनोटाइप G:G और A:G, intron_variant,genic_upstream_transscript_variant	odds ratio 1.60	Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1	rs11385942	3	45876460	A	- or A or AAA	InDel, A:A and A:- उच्च श्वसन विफलता की संवेदनशीलता है, intron_variant	odds ratio 1.77	Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1	rs10490770 *LD with rs11385942	3	45864732	T	C	जोखिम जीनोटाइप टी: सी और सी: सी, intron_variant	विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7	Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1	rs67959919 *LD with rs11385942	3	45871908	G	A	जोखिम जीनोटाइप G:A और A:A, intron_variant	विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7
LZTFL1	rs35624553 *LD with rs11385942	3	45867440	A	G	जोखिम जीनोटाइप G:A और G:G, intron_variant	विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7
LZTFL1	rs71325088 *LD with rs11385942	3	45862952	T	C	जोखिम जीनोटाइप्स सी:टी और सी:सी, इंट्रॉन वेरिएंट	विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7
ABO	rs657152	9	136139265	A	C or T	एक जोखिम एलील, intron_variant	odds ratio 1.77	Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
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IGHV3-7	rs11844522	14	106522576	C	T	संवेदनशील विविधताएं टी: टी, सी: टी	p=1.9x10-7	Blokland et al., 2020;
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL)	rs73166864	22	23340580	T	C or G	संवेदनशील विविधताएं टी: टी और टी: सी	odds ratio 1.7	Roberts., 2020;
TLR7	rs200553089	ChrX	12906010	G	T	जोखिम जीनोटाइप टी: जी और टी: टी, मिसेन्स_वेरिएंट		Made et al., 2020;
समानार्थी एसएनपी ACE2 . में तैनात हैं
ACE2	rs373153165	chrX	15580093	C	T or A	मिसेंस_वेरिएंट	p.Asp785Asn/c.2353G>A	Cao et al., 2020
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ACE2	rs147311723	chrX	15582265	G	A	मिसेंस_वेरिएंट	p.Leu731Phe/c.2191C>T
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ACE2	rs768736934	chrX	15612963	C	T	splice_region_variant+intron_variant	c.345+5G>A
ACE2	rs4646116	chrX	15618958	T	C	मिसेंस_वेरिएंट	p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2	rs73635825	chrX	15618980	A	G	मिसेंस_वेरिएंट	p.Ser19Pro/c.55T>C
सार्स से जुड़े एसएनपी
CD209	rs4804803	19	7812733	A	G	संवेदनशील जीनोटाइप A:A, upstream_transscript_variant	NC_000019.10:7747846	Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010